Narodil se 29. srpna 1854 ve Frýdlantu a umírá 21. října 1916 v České Lípě.
Vystudoval litoměřický učitelský ústav a po něm pokračoval na pražskou konzervatoř, kde studoval varhany. Během studia zde potkal skladatele Antonína Dvořáka a předal mu své skladby k odbornému posouzení. Dvořák si díla pochvaloval a doporučil Franzovi, aby se zaměřil na písně a tvorbu pro pěvecké sbory. Mohaupt tyto rady poslechl a právě díla tohoto druhou jsou nejvíce ceněna.
Po studiích učil v Karlíně, části Prahy, odkud odešel do České Lípy, kde byl v roce 1896 jmenován prvním ředitelem tamní dívčí měšťanské školy. V roce 1924 u příležitosti nedožitých skladatelových sedmdesátin, iniciovali členové sboru pojmenování tehdy nově zřízené kašny v městském parku po Mohauptovi, což se nakonec zdařilo. Na kašně se objevila také plaketa zachycující skladatele, kterou vytvořila Johana Michelová-Maierová, vídeňská sochařka pocházející z České Lípy.
Další vzpomínka na Franze Mohaupta je umístěna východně od frýdlantského kostela Nalezení svatého Kříže na pomníku věnovaném jak jemu, tak dalšímu rodákovi Heinrichu Ehrlichovi.