Kostel nalezení sv. kříže byl postaven italskými architekty na základech starší svatyně sv. Kateřiny. Stavba byla dokončena v roce 1551. Vzhledem k několika přestavbám je kostel směsicí různých slohů. Z vnitřního vybavení je nejznámější a nejcennější monumentální pohřební kaple s rodinnou hrobkou Redernů z roku 1566, která patří k nejhezčím renesančním památkám v Čechách. Náhrobek Melchiora, Kateřiny a Kryštofa z Redernu byl postaven mezi léty 1605–1610 G.Heinrichem z Amsterodamu a je překrásnou ukázkou vratislavského manýrismu.
Původní kostel, zasvěcený sv. Kateřině, byl poprvé zmiňovaný v roce 1316 a nacházel se na místě dnešního kostela. Vlastivědná literatura mluví o původní kapli zasvěcené sv. Barboře, která se nacházela na místě dnešní sakristie. Její vznik připadal na přelom 13. a 14. století, do éry prvních Bibrštejnů. Nejstarším dochovaným prvkem je spodní část mohutné hranolové věže na opačné straně kněžiště. O podobě původní zdi a jejímu dnešnímu trojlodí chybí doklady. Existují však doklady o pozdě gotické obnově kostela po husitském nájezdu roku 1432, zakončené znovuvysvěcením roku 1498, který provedl biskup Johann von Salhausen, který kostelu daroval několik svatých ostatků.
V letech 1501 – 1555 bylo postaveno síňové trojlodí italskými staviteli z Milána, kteří se přizpůsobili místní gotické tradici. V roce 1551 po smrti Kryštofa V. z Bibrštejnu vypřel p omeči rod Biberštejnů a -dochází ke změně majitelů panství. V letech 1605 – 1610 byla k severovýchodní straně presbytáře přistavěna pohřební kaple šlechtického rodu Redernů, která byla v závěru století vybavena dosud zachovalým mausoleem Melchiora von Redern, jeho manželky Kateřiny, rozené von Schlick a jejich syna Kryštofa. Náklady na stavbu mauzolea činily 36 960 říšských tolarů,
V roce 1624 byla frýdlantská farnost povýšena na děkanství. Kostel se po dosazení nového děkana opět stal katolickým a získal dnešní zasvěcení Nalezení sv. Kříže. Po skončení třicetileté války byl barokně upraven.
V letech 1782 – 1783 byla rozšířena okna, byla přemístěna kazatelna a byl zvětšen i počet lavic. Byla upravena panská oratoř, která byla opatřena znakem Clam-Gallasů a Šporků. Ze skláren ve Sloupu v Čechách bylo pořízeno 10 lustrů. V roce 1787 byly instalovány věžní hodiny.
V roce 1855 byly pořízeny bleskosvody a na počátku šedesátých let 19. století došlo k výměně střešní krytiny, okapů a na pozlacení makovic.
Dne 8. května 1945 byl kostel poškozen, při sovětském náletu na Frýdlant, leteckou pumou. Kostel byl v zápětí hned opravován. K rekonstrukci jihozápadního nároží došlo roku 1946. V období komunistické totality nebyly prováděny větší opravy a tak byly vlhkem těžce postiženy omítky, podlahy a spodní části tribun (galerií).
V roce 1999 začaly rozsáhlé restaurační práce pod vedením malíře Jaroslava Patočky z Liberce. Od počátku 21. století byla provedena celková výměna původní střešní krytiny za měděné střešní pláty, vyčištění půdních prostor, byl zrestaurován nástěnný obraz za hlavním oltářem. Restaurační práce stále pokračují.